Fen Bilgisi Eğitimi Yüksek lisans programı, 05.01.2012 tarihli Yüksek Öğretim Genel Kurulu kararı ile açılmıştır. Program 2012-2013 Öğretim yılı, Güz yarıyılında ilk yüksek lisans öğrencileri programa kabul edilmiştir. Yüksek lisans programı 6 profesör, 3 doçent ve 2 yardımcı doçent ile eğitim öğretimini Yenişehir yerleşkesinde Eğitim Fakültesi binasında sürdürmektedir.

Programı başarı ile tamamlayan öğrencilere Fen Bilgisi Eğitimi alanında bilim uzmanlığı diploması verilir. İlköğretim Eğitimi ana bilim dalı, Fen Bilgisi Eğitimi yüksek lisans programı, alanında akademisyen yetiştirmek amacıyla bir eğitim planı yürütmektedir. Yüksek lisans programı, Fen Bilgisi öğretiminde yaklaşımlar, araştırma yöntem ve teknikleri, istatistik ve uygulamaları, Fen Bilgisi öğretiminde temel laboratuvar becerileri ve materyal geliştirme ile ilgili seçmeli dersler içermektedir. Böylece, Fen Bilgisi Eğitimi yüksek lisans programı gerek bireysel gerekse de gruplar halinde disiplinler arası çalışmalarla Fen Bilgisi öğretiminin problemlerini tanımlayarak çözüm üretebilecek, teknolojiyi etkili kullanabilen, akademik araştırma becerilerine sahip mezunlar yetiştirmektedir.

Dersler Eğitim Fakültesi seminer dersliklerinde yapılmaktadır. Dersliklerin tümünde internet bağlantısı ve projeksiyon cihazı vardır. Fen bilimleri laboratuar uygulamaları için biyoloji, fizik ve kimya laboratuarları bulunmaktadır. Öğrenciler kampus alanındaki tüm sosyal ve kültürel olanaklardan faydalanmaktadırlar.